وقتی رابرت بیلوت، وکیل پرآوازه شرکت‌های بزرگ، یک پرونده معمولی از یک کشاورز نادیده گرفته‌شده را قبول می‌کند، نمی‌داند که این تصمیم به چالشی برای تغییر سرنوشت او تبدیل خواهد شد. کشاورزی که شکایتی علیه شرکت شیمیایی غول‌پیکر "دوپونت" دارد، به رابرت نشان می‌دهد که این شرکت به‌طور عمدی هزاران نفر را با مواد سمی مسموم کرده است.

رابرت بیلوت، در حالی که با فشارهای بی‌امان شرکت‌های بزرگ، تهدیدات شخصی و از دست دادن امنیت شغلی و خانوادگی روبه‌رو می‌شود، هرگز از پیگیری حقیقت بازنمی‌ماند. این وکیل شجاع نه تنها از قدرت‌های عظیم نمی‌ترسد، بلکه با هر قدمی که برداشته، تصمیمش محکم‌تر و ایمانش به عدالت عمیق‌تر می‌شود. "آب‌های تاریک" داستان یک مبارزه است: مبارزه‌ای که در آن حقیقت و عدالت در برابر ثروت و فساد قرار می‌گیرند و هیچ چیز نمی‌تواند این وکیل را از پیگیری مسیر درست منصرف کند.